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NEBNext® 免疫测序试剂盒——开启免疫组库测序新时代

2021/9/8 15:29:17      点击:

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免疫组库测序常常用来分析当下的和过去的免疫应答反应。最常应用领域包括:自身免疫性疾病的表征、肿瘤学、传染病中和抗体的发现、肿瘤浸润淋巴细胞以及用作研究残留病的工具。二代测序(NGS)平台在读长和通量方面的最新进展促进了免疫组库测序的发展。


NEBNext® 免疫测序试剂盒通过对 B 细胞和 T 细胞全长免疫组库分析,能获得体细胞的所有突变信息。该试剂盒提供引物模块,可用于分析完整的 V、D、J 区域和 IgM、IgD、IgG、IgA、IgE 亚类,并分析 BCR 轻链、BCR 重链、TCRα 链和 TCRβ 链。该试剂盒还提供唯一分子标签序列(UMI),将来源于同一个分子的 PCR 产物组成共有序列,以便提高测序准确性,消除 PCR 偏差。Galaxy 平台提供一个开源软件工具——pRESTO,用于在本地或云端开展超强生物信息分析。为了确保不熟悉 Galaxy 平台的用户能成功使用分析软件,pRESTO 提供教学教程。



NEBNext® 免疫测序方法的特点

  • 制备可变序列的全长信息(包括亚类信息),使仅测序 CDR3 区域不能获得的下游抗体合成和功能信息成为可能。

  • 取消可变区域引物的使用,降低了引物池的复杂度,实现了同步无偏差导出 B 细胞和 T 细胞受体转录本数据。

  • 从相同转录本获得的重复数据,组成共有序列,降低 PCR 偏差,提高测序准确性;UMIs 能够准确定量样本中存在的每个克隆。

  • 提高免疫组库测序的靶点捕获效率,优化在总 RNA 中,仅占微克量的免疫组库数据分析



抗体和 TCR 结构的简化示意图

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免疫组建库流程


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产品优势

  • 通过对受体序列的深入分析,揭示复杂的免疫系统

  • 对 B 细胞受体(BCR)和 T 细胞受体(TCR)进行富集和测序

  • 制备 B 细胞和 T 细胞的全长免疫基因组库

  • 使用唯一分子标签序列(UMI)准确定量转录本

  • 使用用于生物信息流程(教程)的开源软件工具——pRESTO 分析数据



NEBNext® 免疫测序试剂盒(人)部分数据展示


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使用唯一分子标签序列(UMI)实现克隆型的精准检测。比较克隆型频率:使用 10 ng 和 100 ng T 细胞总 RNA 制备人类 TCR 文库,在有或没有 UMI 情况下分别建库。根据有 UMI 的测序结果,对前 100 个高表达克隆型进行排序。重复建库,克隆型频率重叠绘制于图中。每个条形或圆点代表一个克隆,该克隆经过总读长分析或使用 UMI 过滤。使用 UMI 可对原始样本中的起始 RNA 分子进行绝对定量。当将克隆按照富集度从高到底进行排序,没有 UMI 的数据会导致 PCR 或测序扩增的偏差,从而误导样本中克隆型频率的分析。UMI 的使用通过对起始样本中 RNA 的绝对定量来校正偏差。使用 UMI 也可以在重复本之间实现更好的相关性,尤其是起始量较低时。各个文库向下抽样 500,000 reads。


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使用 NEBNext 免疫测序试剂盒(人),能够在同一管中制备人 BCR 和 TCR 文库。分别使用 1 μg、100 ng 和 10 ng 人 PBMC 总 RNA(Takara Bio #636592)制备人 BCR+TCR 文库,每个起始量都做有平行实验。所有文库向下抽样 950,000 reads。使用 pRESTO 工具完成 reads 过滤、序列组装和基于 UMIs 组成共有序列。使用 MiGMAP 鉴别 V、D 和 J 区域。图(A)表示每个人类 PBMC 总 RNA 起始样本检测到的克隆型数量。图(B)表示各文库中 B 细胞链和 T 细胞链所占百分比。

NEBNext® 免疫测序试剂盒(小鼠)部分数据展示


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使用唯一分子标签序列(UMI)实现克隆型的精准检测。在有或没有 UMI 情况下,比较小鼠 TCR 克隆型频率。根据有 UMI 的测序结果,对前 100 个高表达克隆型进行排序。在有或没有 UMI 情况下,重复建库,克隆型频率重叠绘制于图中。每个条形或圆点代表一个克隆,该克隆经过总读长分析或使用 UMI 过滤。使用 UMI 可对原始样本中的起始 RNA 分子进行绝对定量。当将克隆按照富集度从高到底进行排序,没有 UMI 的数据会导致 PCR 或测序扩增的偏差,从而误导样本中克隆型频率的分析。UMI 的使用通过对起始样本中 RNA 的绝对定量来校正偏差。使用 UMI 也可以在重复本之间实现更好的相关性,尤其是起始量较低时。各个文库向下抽样 500,000 reads。

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使用 NEBNext 免疫测序试剂盒(小鼠),能够在同一管中制备小鼠 BCR 和 TCR 文库。分别使用 10 ng、100 ng 和 1,000 ng 小鼠脾脏总 RNA(Takara Bio #636605)制备小鼠 BCR+TCR 文库,每个起始量都做有平行实验。所有文库向下抽样 1,000,000 reads。使用 pRESTO 工具完成 reads 过滤、序列组装和基于 UMIs 组成共有序列。使用 MiGMAP 鉴别 V、D 和 J 区域。图(A)表示每个小鼠脾脏总 RNA 起始样本检测到的克隆型数量。图(B)表示各文库中 B 细胞重链(IGH)和轻链(IGK 和 IGL)以及 Tα 链(TRA)、β 链(TRB)、δ 链(TRD)和 γ 链(TRG)所占百分比。

订购信息


产品名称

货号

规格

NEBNext® 免疫测序试剂盒(人)

E6320S/L

24/96 次反应

NEBNext® 免疫测序试剂盒(小鼠)

E6330S/L

24/96 次反应